Elles sont classées parmi les Procaryotes, organismes unicellulaires, entourés d'une membrane plasmique de petites tailles (de 1 à 10µm). Elles vivent isolées, soit rassemblées par 2 ou en colonies.
Les bactéries constituent un ensemble d'une grande variété. Elles peuvent être différenciées par certaines de leurs caractéristiques :

La paroi
C'est l'enveloppe externe qui a un rôle de protection très résistante.
Il y a 2 grands types de parois qui diffèrent par leurs caractéristiques microchimiques, c'est une coloration, la coloration "gram " qui permet de les distinguer en :
- Bactéries " gram " +® paroi épaisse
- Bactéries " gram " - ® paroi plus fine

La morphologie
Les formes bactériennes se rapprochent parfois des formes géométriques simples :
- sphère = cocci
- cylindre (bâtonnet) = bacillus avec ou sans accessoires (comme des cils, des capsules).
Les formes filamenteuses sont très rares. Certaines peuvent former une sorte de mycélium (streptomyces), appelées "actynomycètes".

Le type respiratoire
Certaines bactéries ont besoin d'oxygène pour se développer ; elles sont appelées aérobies
D'autres ne se développent qu'en absence d'oxygène ; ce sont les anaérobies
Ces caractères peuvent être stricts ou facultatifs.

Les types métabolliques
Les bactéries peuvent être classées selon deux types de métabolisme :
- les chimiohétérotrophes ou hétérotrophes
- les chimiolithotrophes ou autotrophes

Les bactéries chimiohétérotrophes
Elles vont modifier divers substrats et ne pourront subvenir à leurs besoins énergétiques qu'en présence de composés organiques.
Toutes ces bactéries Gram + et - représentent la microflore totale, c'est-à-dire la pollution générale d'un système.

Les bactéries chimioautotrophes
Elles utilisent pour vivre et comme source d'énergie, l'oxydation d'un composé minéral. Comme source de C, certaines vont se contenter de CO2 et donc pouvoir se développer sur un milieu minéral.