L'objectif du pôle microbiologie est de caractériser la nature et les causes des altérations dues à des microorganismes tels que les bactéries actinomycètes, champignons, algues et lichens.
Il s'agit d'un pôle transversal, puisque ces phénomènes concernent, sous des formes diverses, tous les matériaux du monument (pierre, béton, peinture, bois, textile…).

Les recherches

Plusieurs recherches sont en cours actuellement. Elles portent sur la compréhension de phénomènes d’altération comme le brunissement des verres par oxydation microbiologique du manganèse ou sur des sujets plus généraux comme la détection de la contamination fongique des œuvres d’art par la voie des composés organiques volatils d’origine microbienne. On peut citer aussi les travaux sur les biotechnologies tels que la biominéralisation.